При обновлении сайтов в которые внесены изменения касающиеся их отображения и/или добавлены сторонние модули необходимо в первую очередь проверить, что существует папка templatescustom/ , все измененные шаблоны и другие измененные файлы находятся только в этой папке.
Следующим шагом является сохранение всех файлов из папки templatescustom/ к себе на компьютер. Это делается для гарантированного сохранения всех кастомных изменений сайта.
Далее можно проверить возможность обновления сайта через раздел в административное его части "Обновление" 
В случае если перейдя по ссылке Вы увидели сообщение "Сайт можно обновлять", то можете приступить к данному действию.
После произведенных действий по обновлению необходимо проверить работоспособность сайта.
Для ручного обновления, когда нет возможности сделать автоматическое обновление, необходимо разархивировать архив с обновлениями в корне сайта, затем проверить работу сайта.
...