...
Для редактирования шаблона шапки (Только для старого шаблона, не доступен с версии 1.13.0) рекомендуется использовать другой механизм: http://forum.otcommerce.com/forums/showthread.php?t=46350
Кастомный CSS кладем в папку css и он должен называться custom.css
если шаблон новый то обязательно в админке Конфигурация – Свой код css - вписывать кастомный css (или подключить другой кастомный файл)
...